"Agente 47" narra la historia de un asesino de élite que ha sido genéticamente alterado para convertirse en una perfecta máquina de matar. Su objetivo es acabar con una gran corporación que planea desvelar los secretos de su organización secreta. Para ello, forma equipo con una joven.
Cuando en su casa comienzan a ocurrir cosas extrañas, la joven pareja formada por Kelly y Ben descubre que todo se debe a una presencia que fue conjurada accidentalmente durante un experimento universitario parapsicológico. La horrible aparición se alimenta de sus miedos. Su última esperanza es un experto en lo sobrenatural, Patrick, pero aun con su ayuda, puede ya ser muy tarde para salvarse a sí mismos de esta fuerza aterradora.
Basada en el famoso videojuego del mismo nombre. El agente 47 (Olyphant) es contratado por una misteriosa organización conocida como 'La Agencia' para matar por dinero. El cazador se convertirá en la presa tras un cambio de régimen político. Tanto la Interpol como el ejército ruso perseguirá al asesino por toda Europa del Este, mientras él intenta averiguar quién le tendió la trampa y por qué.